1941年,原高雄驛改名為高雄港驛,專司貨物列車轉運、編組工作。為此,站內許多既有房舍或設施也更改用途,或是進行遷建及改建。當時車站樣貌的最大變化,是將第二月台和旅客天橋拆除,第一月台仍然保留,做為僅存的客運列車──屏東線汽油車載客用。高雄港站的月台,是台灣目前唯一僅存明治時代末期的「活化石」。

1900年代的月台相當低矮,當時的火車設有踏階。隨著旅客愈來愈多,為了減少上下車的不便,月台就一層一層加高,今天我們在舊台中站第一月台還可以觀察到這種月台的「地質年代」。而由於高雄港站在1941年之後,就不再有縱貫線旅客列車使用,月台幸運地沒有被加高,花崗岩材質的緣石也被留存下來,成為稀有的古董月台。至於古樸的鑄鐵製月台雨棚,則是在1977年賽洛瑪風災後所修建。

2006年捷運西子灣站施工時,挖除了一部分月台,珍貴的緣石暫時原地堆置保存。經過測量,高雄港站月台高度大約20~23公分高,至2017年5月為止,高雄臨時站的月台高度為76公分,新左營站85公分,陸續將和其他各站一樣加高至92公分,最後目標則是115公分。在那之後,台鐵將和高鐵、捷運月台一樣,沒有任何的台階了。